იაკობ გოგებაშვილი დაიბადა 1840 წლის 15 ოქტომბერს (27 ოქტომბერი) სოფელ ვარიანში (ახლანდელი გორის რაიონი). მამა – სვიმონი – მღვდელი იყო. სვიმონს სურდა, რომ შვილებიც სასულიერო პირები გამოსულიყვნენ, იაკობი კი დედასაც და მამასაც ბერად წარმოედგინათ. მართალია, იაკობი ძალიან სუსტი ბავშვი იყო, მაგრამ მეტად ჭკვიანი, გამჭრიახი და მკვირცხლი გონება ჰქონდა. უამრავ ლოცვას, ლექსსა და საგალობელს aდვილად ითვისებდა. თანატოლებს იაკობი ძლიერ უყვარდათ, რადგან ყოველთვის ნაირ-ნაირ მოთხრობებსა და ლექსებს უყვებოდა. მამისაგან სიმღერის ნიჭიც დაჰყვა. პატარა იაკობს ძალიან იზიდავდა სოფლის ბუნება. იგი საათობით აკვირდებოდა სხვადასხვა ყვავილებს, ცხოველებს, ანკარა მდინარეში მოფართხალე თევზებს. ალაბათ ამიტომაც შესძლო შემდგომში იაკობმა, ასე საინტერესოდ აღეწერა ეს მშვენიერი სამყარო „ბუნების კარში“.
მაშინდელ დროში სოფლად სკოლები არ იყო, ბავშვებს წერა-კითხვას შინ ასწავლიდნენ ხოლმე. მაგრამ იაკობი იმდენად ნიჭიერი ბავშვი აღმოჩნდა, რომ ოჯახმა იგი ქალაქ გორში ჩაიყვანა და სასულიერო სასწავლებელში მიაბარა. იაკობი მეტად ბეჯითი მოსწავლე გამოდგა, იგი ძალიან ბევრს მეცადინეობდა და მალე საუკეთესო მოწაფე გახდა. იაკობს ძალიან აინტერესებდა საქართველოს ისტორია და ლიტერატურა, ბევრს კითხულობდა, ეცნობოდა საეკლესიო ისტორიასა და საღვთისმეტყველო წიგნებს. შემდგომში ეს ცოდნა მას დაეხმარა, ბავშვებისათვის მათთვის გასაგებ ენაზე, დაეწერა საღმრთო ისტორია.
სკოლის დამთავრების შემდეგ, 1855 წელს იაკობი თბილისის სასულიერო სემინარიაში შევიდა, მაგრამ არც ამით დაკმაყოფილდა და 1861 წელს სწავლის გასაგრძელებლად კიევში გაემგზავრა, სადაც სასულიერო აკადემიაში ჩააბარა. პარალელურად უნივერსიტეტში საბუნებისმეტყველო დისციპლინებში ისმენდა ლექციებს. კიევში მას შესაძლებლობა მიეცა, თანამედროვე მეცნიერების, პედაგოგების, საზოგადო მოღვაწეების შრომებს გასცნობოდა. მაგრამ კიევის ჰავამ ისედაც სუსტი ჯანმრთელობის იაკობზე კიდევ უფრო ცუდად იმოქმედა და იგი ტუბერკულოზით დაავადდა. ექიმის დაჟინებული მოთხოვნით, იაკობი იძულებული გახდა მესამე კურსი მიეტოვებინა, 1863 წელს სამშობლოში დაბრუნებულიყო.
სამოცდათორმეტი წლისა, იაკობი მძიმედ ავად გახდა. ექიმების ყოველგვარი მცდელობა, სიცოცხლის დღეები გაეხანგრძლივებინათ საყვარელი მამულიშვილისათვის, ამაო გამოდგა. ვარდობის თვის მიწურულს ი1912 წლის 1 ივნისს (14 ივნისი) იაკობ გოგებაშვილი გარდაიცვალა. იაკობ გოგებაშილი დაკრძალეს დიდუბის ეკლესიასთან. წერა-კითხვის გამავრცელებელმა საზოგადოებამ ვერცხლის გვრგვინი მიართვა წარწერით: ხალხის მასწავლებელს – იაკობ გოგებაშვილს. 1940 აღინიშნა იაკობ გოგებაშვილის დაბადების 100 წლისთავი და მისი ნეშტი დიდუბიდან მთაწმინდის პანთონში გადაასვენეს.
მაშინდელ დროში სოფლად სკოლები არ იყო, ბავშვებს წერა-კითხვას შინ ასწავლიდნენ ხოლმე. მაგრამ იაკობი იმდენად ნიჭიერი ბავშვი აღმოჩნდა, რომ ოჯახმა იგი ქალაქ გორში ჩაიყვანა და სასულიერო სასწავლებელში მიაბარა. იაკობი მეტად ბეჯითი მოსწავლე გამოდგა, იგი ძალიან ბევრს მეცადინეობდა და მალე საუკეთესო მოწაფე გახდა. იაკობს ძალიან აინტერესებდა საქართველოს ისტორია და ლიტერატურა, ბევრს კითხულობდა, ეცნობოდა საეკლესიო ისტორიასა და საღვთისმეტყველო წიგნებს. შემდგომში ეს ცოდნა მას დაეხმარა, ბავშვებისათვის მათთვის გასაგებ ენაზე, დაეწერა საღმრთო ისტორია.
სკოლის დამთავრების შემდეგ, 1855 წელს იაკობი თბილისის სასულიერო სემინარიაში შევიდა, მაგრამ არც ამით დაკმაყოფილდა და 1861 წელს სწავლის გასაგრძელებლად კიევში გაემგზავრა, სადაც სასულიერო აკადემიაში ჩააბარა. პარალელურად უნივერსიტეტში საბუნებისმეტყველო დისციპლინებში ისმენდა ლექციებს. კიევში მას შესაძლებლობა მიეცა, თანამედროვე მეცნიერების, პედაგოგების, საზოგადო მოღვაწეების შრომებს გასცნობოდა. მაგრამ კიევის ჰავამ ისედაც სუსტი ჯანმრთელობის იაკობზე კიდევ უფრო ცუდად იმოქმედა და იგი ტუბერკულოზით დაავადდა. ექიმის დაჟინებული მოთხოვნით, იაკობი იძულებული გახდა მესამე კურსი მიეტოვებინა, 1863 წელს სამშობლოში დაბრუნებულიყო.
სამოცდათორმეტი წლისა, იაკობი მძიმედ ავად გახდა. ექიმების ყოველგვარი მცდელობა, სიცოცხლის დღეები გაეხანგრძლივებინათ საყვარელი მამულიშვილისათვის, ამაო გამოდგა. ვარდობის თვის მიწურულს ი1912 წლის 1 ივნისს (14 ივნისი) იაკობ გოგებაშვილი გარდაიცვალა. იაკობ გოგებაშილი დაკრძალეს დიდუბის ეკლესიასთან. წერა-კითხვის გამავრცელებელმა საზოგადოებამ ვერცხლის გვრგვინი მიართვა წარწერით: ხალხის მასწავლებელს – იაკობ გოგებაშვილს. 1940 აღინიშნა იაკობ გოგებაშვილის დაბადების 100 წლისთავი და მისი ნეშტი დიდუბიდან მთაწმინდის პანთონში გადაასვენეს.
