1864 წელს გოგებაშვილი თბილისის სასულიერო სასწავლებლის მასწავლებლად, ხოლო 1868 წელს მის ინსპექტორად დაინიშნა. იაკობ გოგებაშვილის მოღვაწეობის პერიოდში საქართველო რუსეთის იმპერიის შემადგენელი ნაწილი იყო და ყველაფერი ქართული იდევნებოდა. სკოლებში ქართული ენის ხსენებაც კი აკრძალული იყო, არისტოკრატიას ქართულად ხმის ამოღება ერცხვინებოდა, ინტელიგენცია რუსულად აზროვნებდა, ქართული ენის შესასწავლად ორგვერდიანი ნაბეჭდი ანბანი არსებობდა, ისტორიასა და გეოგრაფიას ვინღა ჩიოდა. სკოლაში ძალიან მკაცრი და უსამართლო წესები ჰქონდათ. მოსწავლეთა წკეპლით ცემა, მუხლებზე დაყენება ჩვეულებრივი ამბავი იყო.
იაკობ გოგებაშვილი აქტიურად ჩაება ეროვნულ-განმათავისუფლებელ მოძრაობაში, რომელსაც ილია ჭავჭავაძე და აკაკი წერეთელი მეთაურობდნენ. იაკობი მაშინვე შეუდგა ძველი ჩვევების აღმოფხვრას: სემინარიის გამგეობას სწავლის პროცესის მთლიანად გარდაქმნის პროექტიც წარუდგინა, სრულიად გააუქმა დასჯა. 1865 წ. გამოვიდა ი. გოგებაშვილის „ქართული ანბანი და პირველი საკითხავი წიგნი მოსწავლეთათვის“, შემდეგ – „ბუნების კარი“ (1868), „დარიგება მოსწავლეთათვის, თუ როგორ უნდა წაიყვანოს სწავლება წერა-კითხვისა ქართულ ანბანში“ (1872), „დედა ენა“ (1876). “დედა ენა” გოგებაშვილის სიცოცხლეში 33-ჯერ გამოიცა, გარდაცვალების შემდეგ 25-ჯერ. “დედა ენას” “ვეფხისტყაოსნის” ბადალი უწოდეს, რადგან ხალხისათვის ყველაზე საყვარელი და პოპულარული წიგნი გახდა. გოგებაშვილის წიგნები ათი ათასობით ვრცელდებოდა. ყოველწლიურად 20-25 ათასი “დედა ენა” და 5-6 ათასი “ბუნების კარი” იყიდებოდა. ამ წიგნებმა დაუდო საფუძველი განათლების ფართოდ გავრცელებას.
გოგებაშვილის პროგრესული პედაგოგიური მოღვაწეობამ სინოდისა და მეფის ხელისუფალთა უკმაყოფილება გამოიწვია. იაკობი “საზოგადოებრივი სამსახურისთვის არაკეთილსაიმედო პირად” გამოაცხადეს და 1874 წელს სასწავლებლიდან ისე გააძევეს, თავის მართლების საშუალებაც არ მისცეს. სასოწარკვეთილი თვითმკვლელობიდან ბედნიერმა შემთხვევამ გადაარჩინა. მძიმე ავადმყოფი, სახელმწიფო ბინიდან გამოგდებული მეგობარს შეეფარა. მაშინ დაწვა ყველა ოფიციალური საბუთი, სემინარიის ატესტატი, აკადემიაში სწავლის მოწმობა და ფიცი დადო: “ამიერიდან მთელი ჩემი სიცოცხლე, ძალა და ღონე ჩემს ქვეყანას უნდა მოვახმარო”.
ამის შემდეგ, გოგებაშვილი სახელმწიფო სამსახურში აღარ შესულა და მთელი სიცოცხლე საზოგადო მოღვაწეობას მიუძღვნა. უსამსახურომ, უბინაომ, უფულომ მრავალი განსაცდელი გამოარა, მაგრამ მიზნისათვის არ უღალატია.
იაკობ გოგებაშვილი აქტიურად ჩაება ეროვნულ-განმათავისუფლებელ მოძრაობაში, რომელსაც ილია ჭავჭავაძე და აკაკი წერეთელი მეთაურობდნენ. იაკობი მაშინვე შეუდგა ძველი ჩვევების აღმოფხვრას: სემინარიის გამგეობას სწავლის პროცესის მთლიანად გარდაქმნის პროექტიც წარუდგინა, სრულიად გააუქმა დასჯა. 1865 წ. გამოვიდა ი. გოგებაშვილის „ქართული ანბანი და პირველი საკითხავი წიგნი მოსწავლეთათვის“, შემდეგ – „ბუნების კარი“ (1868), „დარიგება მოსწავლეთათვის, თუ როგორ უნდა წაიყვანოს სწავლება წერა-კითხვისა ქართულ ანბანში“ (1872), „დედა ენა“ (1876). “დედა ენა” გოგებაშვილის სიცოცხლეში 33-ჯერ გამოიცა, გარდაცვალების შემდეგ 25-ჯერ. “დედა ენას” “ვეფხისტყაოსნის” ბადალი უწოდეს, რადგან ხალხისათვის ყველაზე საყვარელი და პოპულარული წიგნი გახდა. გოგებაშვილის წიგნები ათი ათასობით ვრცელდებოდა. ყოველწლიურად 20-25 ათასი “დედა ენა” და 5-6 ათასი “ბუნების კარი” იყიდებოდა. ამ წიგნებმა დაუდო საფუძველი განათლების ფართოდ გავრცელებას.
გოგებაშვილის პროგრესული პედაგოგიური მოღვაწეობამ სინოდისა და მეფის ხელისუფალთა უკმაყოფილება გამოიწვია. იაკობი “საზოგადოებრივი სამსახურისთვის არაკეთილსაიმედო პირად” გამოაცხადეს და 1874 წელს სასწავლებლიდან ისე გააძევეს, თავის მართლების საშუალებაც არ მისცეს. სასოწარკვეთილი თვითმკვლელობიდან ბედნიერმა შემთხვევამ გადაარჩინა. მძიმე ავადმყოფი, სახელმწიფო ბინიდან გამოგდებული მეგობარს შეეფარა. მაშინ დაწვა ყველა ოფიციალური საბუთი, სემინარიის ატესტატი, აკადემიაში სწავლის მოწმობა და ფიცი დადო: “ამიერიდან მთელი ჩემი სიცოცხლე, ძალა და ღონე ჩემს ქვეყანას უნდა მოვახმარო”.
ამის შემდეგ, გოგებაშვილი სახელმწიფო სამსახურში აღარ შესულა და მთელი სიცოცხლე საზოგადო მოღვაწეობას მიუძღვნა. უსამსახურომ, უბინაომ, უფულომ მრავალი განსაცდელი გამოარა, მაგრამ მიზნისათვის არ უღალატია.
